为中小规模测序设计的Genome Analyzer Ⅱx System 专为中低通量的使用者设计的第二代测序仪，可应用于de novo测序、中小规模基因组重测序、RNA及小RNA测序，ChIP-seq，及细胞遗传学研究。目前，GAIIx在单个流动槽内每运行一次对读测序，都能生成超过100亿碱基的高质量的数据；一次反应总通量最少为950亿碱基（95G）（截至2012年7月）。