功能概述
- 依据登录号和实验ID直接从GenBank和dbSNP批量下载序列;
- 进行BLAST和模板结构搜索,设计引物时避免交叉同源和二级结构,支持本地自定义/未发布数据库的BLAST;
- 给出标记了引物、同源性和模板结构的序列;
- 评估引物对或正向/反向引物,设计兼容引物,以HTML或csv文件格式输出完整的分析结果;
- 输出分析的发表质量的报告,方便与他人共享;
- 内置GC%、碱基数的计算器,可获得互补序列和反向互补序列;
- 以project格式组织数据,保存本地数据库格式和搜索结果;
- 支持Windows 7和Mac Snow Leopard操作系统。
综合的设计支持
Primer Premier的搜索采用邻近算法,发现拥有最准确退火温度的最优的PCR、多样本和SNP基因分型引物。引物被筛查二级结构、二聚体、发夹结构、同源性和物理特性后以排序形式报告最佳引物。从NCBI加载目的基因,选择搜索范围,坐下来让PrimerPremier为您选择最可靠的引物。
多样本分析和SNP分型
针对多样本实验,Primer Premier可批量检索引物,然后检查设计得到的引物是否有交叉反应,从而减少错误引发。针对SNP基因分型分析,可设计SNP侧翼引物。
万能的引物设计和分析
使用手动引物设计选项,用户可通过点击模板序列上的任意碱基得到相应位点的引物。Primer Premier可立刻分析引物的特性。该软件也可评估已有引物的特性,并根据它们和理想的靶标值间的距离对其排序。该特性对已发表或已设计证实的引物序列相关工作尤其有用。对任何给定引物,Primer Premier可以设计兼容的正向和反向引物。