大多数酶切位点的甲基化不影响切割，而有些会影响，如XbaI, BclI等。而且甲基化只发生在特定序列，以XbaI为例，只有在位点序列旁出现GA或TC，该XbaI位才会被甲基化。

而要解除这种限制修饰作用通常有两种方法：
（1）选用上述酶的同功酶，如Sau3AI，DNA识别切割位点与MboI相同；但不受甲基化影响；

（2）利用甲基化酶缺失的受体细胞进行DNA的制备，如E.coli JM110和链霉菌等，前者Dam和Dcm甲基化酶已敲出，而后者细胞内本就没有甲基化酶，从这些细胞中抽提的 DNA就能被上述酶切割。

E.coli JM110
要排除dam,dcm甲基化的影响，需要用特定的dam-,dcm-的菌株，如JM110

由JM110等甲基化缺失的菌株产生的质粒，则不会被甲基化.