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Seeker Spatial Transcriptomics
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品牌 Clontech货号CU0023///CU0024///CU0010///CU0033
过期 长期有效
更新 2025-08-12 18:54
 
详细信息

空间转录组学分析试剂盒

 Seeker Spatial Transcriptomics Kit将带有DNA条形码的单层10 μm微珠(Beads)平铺在玻片(Tile)上。通过在玻片上放置组织切片来捕获RNA。由于DNA条形码具有表示位置信息的固定序列,因此通过收集微珠并进行NGS分析,可以进行高分辨率的全转录组分析和空间分析。由于以含有polyA的全转录组为对象进行NGS分析,因此也支持人、鼠以外的真核生物。

 

产品亮点 

√ 可以对冷冻组织开展全转录组空间分析本

√ 接近单细胞级别的分辨率,可解析所有基因

√ 利用带有DNA条形码的微珠(Beads)捕获mRNA

√ 不需要NGS以外的专用设备和探针 

 

实验流程

 

将组织切片放置在Seeker玻片(Tile)上,与带有DNA条形码的微珠结合捕获mRNA,然后进行反转录。之后微珠从玻片上解离,进行第二链合成以及cDNA扩增。纯化的cDNA进行文库制备并测序。生成的FASTQ文件通过Seeker生物信息学软件处理,获得组织切片的完整全转录组的空间图谱。

 

产品规格:3 mm x 3 mm 和10 mm x 10 mm

 

 Seeker 3x3 kitSeeker 10x10 kit
用途

全转录组空间分析

分辨率

10 μm

样本类型

新鲜冷冻组织(Fresh frozen)

index primer

Seeker Dual Indexing Primer Kit v2

分析软件

Seeker bioinformatics pipeline

玻片(tile)大小

3 mm × 3 mm

10 mm × 10 mm

所需时间/手动操作时间

8 h/2.5 h

8.5 h/3 h

推荐测序深度*

~400 M

~2 B

* 推荐测序深度取决于组织类型

 

Code No.

Seeker 3x3 kit

CU0024

3x3 Seeker Kit Bundle V1.1 (8 tiles)

CU0010

Seeker Dual Indexing Primer Kit V2

 

Code No.

Seeker 10x10 kit

CU0023

10x10 Seeker Kit Bundle (4 tiles)

CU0010

Seeker Dual Indexing Primer Kit V2

CU0033

Thermal Cycler Adapter