化合物管理系统是LabMasterLIMS系统中关于化合物管理的独立系统。利用安装在PC客户端的软件系统、 RFID标签及样品存取识别仪对化合物进行科学管控。各药品根据其属性（如CAS号）设置RFID标签。安装系统后，用户通过在样品存取识别仪上刷卡（员工卡或饭卡）获得操作权限。若未刷卡而进行操作，则门上的RFID识别器将发出预警通知管理员，达到“电子警卫”的功能。化合物在低于库存阈值时将提醒工作人员及时采购药品。