FFPE样本的核酸在甲醛固定、石蜡包埋及储存过程中发生降解和片段化，并产生核酸之间、蛋白之间及核酸和蛋白之间的交联，给其中DNA提取带来很大挑战。

在FFPE样本核酸纯化时，首先需进行彻底脱蜡，传统常使用二甲苯等有机溶剂，QIAamp DNA FFPE Advanced Kit采用非有机溶剂的脱蜡液，减少对人体伤害的同时可节省空间。

试剂盒优化了高温解交联的条件，最大化保证了DNA片段完整性并大大缩短了时间。

实验流程进一步优化，使用两步蛋白酶K处理，提高了DNA得率，并采用QIAamp MinElute UCP columns进行纯化，使洗脱体积低至20μl，进一步提高了核酸浓度。

本试剂盒能适用于0.5 mm³ -4 mm³的样本起始量 ，可低至一片FFPE切片，有效应对穿刺等组织含量少的样本。

特征

• 可扩增 DNA 的回收率高
• 无需二甲苯或类似溶剂即可去除石蜡
• 尿嘧啶（脱氨基胞嘧啶）– DNA 提取过程中使用尿嘧啶-N-糖基化酶 (UNG) 进行伪影去除步骤
• 适用于 PCR、数字 PCR (dPCR) 和下一代测序 (NGS) 的即用型 DNA

原则

从 FFPE 组织中制备 DNA 面临三大挑战：

• 由于输入材料有限且 DNA 受损，产量低
• 福尔马林引起的交联导致 DNA 无法扩增
• 脱氨基胞嘧啶伪影可能导致 NGS 突变分析产生错误结果

QIAamp DNA FFPE Advanced Kits 通过两种方式从有限的样本输入中大程度地提高 DNA 产量：

• 通过实施两步裂解程序，即使从难以裂解的样本中也能确保高 DNA 提取率
• 通过使用脱蜡溶液代替基于溶剂的石蜡去除，省去了初始裂解前的所有清洗步骤，从而最大限度地降低了丢失稀缺样品材料的风险

交联去除进一步提高了可扩增 DNA 的回收率

QIAamp DNA FFPE 高级工作流程。

QIAamp DNA FFPE Advanced 程序使用脱蜡溶液代替二甲苯或任何其他溶剂，从而去除石蜡，无需经过多个繁琐的清洗步骤。

裂解使用蛋白酶 K 进行。交联通过在 90°C 下加热孵育 1 小时来去除。可以使用 UNG 去除伪影。

然后消化 RNA，并再次裂解样品以增加 DNA 回收率。

DNA 与 QIAamp UCP MinElute 离心柱结合。使用缓冲液 AW1、缓冲液 AW2 和乙醇洗掉污染物，并在缓冲液 ATE 中洗脱 DNA。