这款产品用于RNA结合蛋白/靶标蛋白的筛选和发现，是一款RNA结合蛋白鉴定的有效工具。

RNA结合蛋白的鉴定是近年来的一项研究热点，包括修饰性RNA，这些修饰性RNA也能与结合蛋白相互作用，参与基因表达调控。因此，RNA结合蛋白的研究将有助于我们更全面地理解基因表达调控网络。

SPIDER^TM邻近标记 | RNA Pull-Down试剂盒用于RNA结合蛋白/靶标蛋白（Prey）的筛选和发现。将生物素标记的RNA与细胞裂解液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复合物，同时生物素与SA_m-Pup^E靠近并结合，在PafA酶的催化作用下，Pup^E的C末端会与Prey蛋白表面的赖氨酸残基共价连接，从而将RNA与蛋白质之间的非共价结合相互作用转换为SA_m-Pup^E与Prey的共价连接。通过生物素琼脂糖（Biotin-beads）捕获SA_m，从而实现Prey的富集。通过质谱技术检测目标RNA是否与某些蛋白相互作用。

应用案例：m6A-RNA新结合蛋白的鉴定

作为真核生物mRNA中最普遍的修饰，m⁶A修饰在细胞分化和肿瘤发生中发挥着重要作用。为了鉴定m6A结合蛋白，我们进行了SPIDER-PNI和生物素化RNA探针实验，将生物素化的m6A修饰单链RNA（m⁶A-ssRNA，含共识序列GG(m⁶A)CU)与YTHDF家族过表达的HEK293T细胞裂解液共孵育，生物素化的单链RNA（A-ssRNA)作为对照。

基于MS的蛋白鉴定显示，通过SPIDER富集的20个m⁶A相互作用蛋白显著高于对照组。有5个已报道的相互作用蛋白室已知的m⁶A结合蛋白，包括排名前3位的YTDHF1、YTDHF2、和YTDHF3，以及排名靠前的IGF2BP2和YTHDC（如下图所示）。

除了已知的m⁶A结合蛋白,SPIDER还鉴定出一些新结合蛋白——如SRSF7蛋白，SRSF7是一个已知的剪切因子，在许多癌症中调节肿瘤基因的mRNA。为了验证m⁶A-ssRNA与SRSF7之间的直接结合，我们进行了表面等离子共振(SPR)实验，发现SRSF7选择性地与m⁶A-ssRNA结合，其亲和力比对照高2倍(如下图)。

综上，SPIDER技术不仅验证了YTDHF1,YTHDF2, 和 YTHDF3——三个已报道的 m⁶A结合蛋白，还确定了SRSF7为本研究新确定的结合蛋白，表明SPIDER是鉴定修饰核酸的结合蛋白的有效工具。