16S/18S/ITS微生物扩增子测序

产品简介

微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高变区域，或者功能基因进行测序，分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系，进一步探讨微生物多样性；对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的理论和现实意义。

产品分类

16S rDNA测序：16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中，共包括9个可变区和10个保守区，保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。采用HiSeq或最新的MiSeq测序仪，对16S rDNA某个高变区进行测序，进一步分析环境微生物中细菌或古细菌的多样性。

18S rDNA测序：18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区，保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异。

ITS测序：ITS分为两个区域：ITS1/ITS2，其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。ITS序列由于自然选择压力小，因此在进化过程中能够承受更多的变异，通过对ITS1或者ITS2进行测序，可分析环境微生物中真菌的多样性。

技术流程

技术参数

测序平台：HiSeq2500；MiSeq

测序策略：PE250

测序周期：25-40工作日

测序数据：不低于合同规定数据量

标准数据分析

● 原始测序数据预处理   

● 稀释曲线（Rarefaction Cur ve）   

● OTU划分&OTU注释&物种分类注释   

● 物种系统发育树

● 多样性指数分析  

● 物种组成统计热图   

● 群落结构：OTU分类   

● 物种丰富程度&均匀程度（Rank Abundance曲线）

● 主成分分析（Principal component analysis， PCA）

深度数据分析

● 多样品OTU分布网状图（Network）   

● 单因素方差分析   

● 多样品O TU分布比较（Venn图）

● 多样品（微生物群落）分层聚类UPGMA    

● 样本聚类UP GMA可靠性Support分析

● 主坐标分析PCoA（2D/3D）图   

● 基于Unifrac 距离的箱型图（Box-Plot）分析

● 含分类单元主坐标分析PCoA图（3D Bi-Plot）  

● 差异对比NMD S分析

● 冗余分析RDA（线性模型）/典型对应分析CCA（单峰模型）   

● 含多样品分类饼图

● LEfSe分析（组间比较分析）   

● Adonis组间比较分析（基于Unifrac距离矩阵）

引物信息

样本要求

粪便：采集新鲜粪便样品于无菌容器中，每份样品5g左右即可，液氮速冻3-5min，-80°C长期保存，干冰运输。

土壤：采集土壤样本5g左右至无菌容器中，液氮速冻3-5min，然后转移至-80°C 或液氮中长期保存，干冰运输。

污泥：采集污泥样本于无菌容器中，每份样品5g左右即可，液氮速冻3-5min， -80°C长期保存，干冰运输。

水体：1、对于水质较为清澈的水样，用0.22μm 的微孔滤膜真空过滤水样（1 L左右），富集于无菌管中，液氮速冻3-5min，干冰运输。2、对于水质较为混浊的水样，三点水样混合摇匀后取60-80mL，液氮速冻3-5 min，-80℃保存，干冰运输。

皮肤：采用无菌棉签轻轻刮取皮肤表面，取样后将棉签置于无菌的离心管，液氮速冻3-5min，-80℃长期保存，干冰运输。

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