SPIDER邻近标记 | DNA Pull Down试剂盒

这款产品用于DNA结合蛋白/靶标蛋白的筛选和发现，是一款DNA结合蛋白鉴定的有效工具。

SPIDER^TM邻近标记 | DNA Pull-Down试剂盒用于DNA结合蛋白/靶标蛋白（Prey）的筛选和发现。将生物素标记的DNA与细胞裂解液共同孵育，从而形成DNA-蛋白质复合物，同时生物素与SA_m-Pup^E靠近并结合，在PafA酶的催化作用下，Pup^E的C末端会与Prey蛋白表面的赖氨酸残基共价连接，从而将DNA与Prey之间的非共价结合相互作用转换为SA_m-Pup^E与Prey的共价连接。通过生物素琼脂糖（Biotin-beads）捕获SA_m，从而实现Prey的富集。通过质谱技术检测目标DNA是否与某些蛋白有相互作用。

SPIDER验证大肠杆菌蛋白质RutR与DNA相互作用

在大肠杆菌中，蛋白质RutR是嘧啶分解代谢中重要的调控元件。已有研究报道，RutR能够与一段16 bp的DNA基序结合，我们选取两段RutR结合的基因进行验证。将RutR结合靶标的反向互补序列的3'端带上生物素修饰，由公司合成双链DNA，以此作为Bait与SPIDER体系与裂解液进行反应。为了验证SPIDER反应的特异性，加入10倍浓度的没有生物素标记的DNA探针竞争结合RutR。结果显示，在PafA的作用下，RutR被共价连接SA_m-Pup^E，分子量增加约18 kDa，形成RutR-SA_m-Pup^E复合体，而加入竞争DNA后，RutR-SA_m-Pup^E复合体被抑制90%左右，说明SPIDER体系能够特异性的识别生物素化的Bait。