Ribonuclease R (RNase R) 核糖核酸酶

Ribonuclease R (RNase R) 一种3´至5´核酸外切酶，可消化除套索或环状RNA结构外的所有线性RNA。

• 特异性：消化所有线性RNA，但不消化套索或环状RNA结构，或3'端少于7个核苷酸的双链RNA
• 加热灭活：在65°C加热20分钟以使酶灭活
• 使用价值：利用这种外切核糖核酸酶的独特特性来研究其他剪接和基因表达

来源于大肠杆菌的核糖核酸酶R (RNase R) 是一种镁依赖性的3'→5'核糖核酸外切酶，能够消化基本上所有线性的RNA，但不易消化套索或环状RNA的结构，或3'突出超过7个核苷酸短双链RNA。大多数细胞的RNA会被RNase R消化完全，除tRNA基因，5S RNA和内含子套索结构（图1）。3’套索尾巴将被RNase R修剪到分支点的核苷酸，此位置含有一个2'，5'-磷酸二酯键。套索是内含子区域的前体mRNA剪接产生的，并且可以从总RNA的混合物通过RNase R消化进行分离。ArrayPure™ Kit, MasterPure™ RNA和Yeast RNA Purification试剂盒可被用于这种总RNA的制备。
用这种方法分离的RNA可以用作模板来产生标记的cDNA作为含有潜在的内含子序列的微阵列的目标，或者用于包含完整的染色体或基因组的重叠区域平铺阵列。产生的cDNA不代表线性内含子，但其含有的序列是来源于内含子的。
环状RNA（Circular RNA，circRNA）是区别于线性RNA的一类新型环状非编码RNA，半衰期长，具有物种保守性和组织特异性。其独特的环状结构使其不容易被RNA酶降解，因此在细胞内稳定性很强。2019年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达208项，其在新型生物标记、生物学机制研究等方向具有巨大的潜力和研究价值。

要研究circRNA的机制与功能，我们首先要对circRNA进行富集、鉴定。而在这些实验中，RNase R被广泛应用。
RNase R，是一种Mg2+依赖性的3’ →5’核糖核酸外切酶，基本能消化所有线性RNA，但不消化套索或环状RNA，或者短于7个核苷酸的具有3’突出端的双链RNA。即是除了tRNAs，5S RNA和内含子套索外，大多数细胞RNAs都将被RNase R完全消化。
常规体外差异circRNA的验证思路包括以下几步：
A、结构验证：由于circRNA不易被核酸外切酶RNaseR降解，我们可以通过RNase R耐受性实验验证其环形结构。
B、表达量验证：qPCR
C、细胞定位：由于circRNA是在细胞质中发挥miRNA海绵机制，因此需要通过核质分离实验或FISH验证其在细胞中的定位。
D、功能验证：对上述步骤筛选出的1-2条circRNA设计siRNA或者过表达质粒，通过一系列细胞实验，验证circRNA所发挥的细胞功能。最终挑选表型最为显著的circRNA进行后续机制研究。


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