Monarch® 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒

Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒可用于使用磁珠法操作流程对病毒核酸进行可靠的高通量提取纯化。

• 设计用于免手动操作提取病毒 DNA 和/或 RNA。
• 利用磁珠方法。兼容手动操作以及多种仪器平台（KingFisher^® Flex、Agilent^® Bravo^®、MGISP^® 液体处理器等）的高通量自动化实验流程。
• 针对唾液和呼吸道拭子样本类型进行了测试。兼容经过富集操作（不提供）的废水样本。
• 适用于 qPCR/RT-qPCR、ddPCR、测序/NGS 文库制备等下游应用。
• 包含载体 RNA（carrier RNA），适用于在基于 RNA 的扩增实验流程中进行高灵敏度检测。

Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒提供快速可靠的磁珠法提取流程，用于从唾液和呼吸道拭子样本中提取病毒核酸。该试剂盒兼具硅胶膜法核酸纯化方法的高效性和磁珠法的易用性。手动和自动实验流程支持在微量离心管或 96 孔板中处理样本。试剂盒规格兼容 96 孔板包装形式（100 次反应、600 次反应和 1800 次反应），并且操作流程兼容多种仪器平台（包括 KingFisher Flex 磁性微粒处理器以及 Agilent Bravo 和 MGISP 液体处理器）的高通量自动化流程。

* 病毒 DNA 和 RNA 并行纯化。制备不含 DNA 的 RNA 或不含 RNA 的 DNA 需要使用合适的核酸酶（不随试剂盒提供）进一步处理。
** 可放大样本起始量，以满足更大的样本量需求。但可能需要进一步优化实验流程。
***推荐使用载体 RNA（carrier RNA）来回收低含量病毒核酸。如果下游应用使用 ploy(A) RNA 富集，则应省略载体 RNA（carrier RNA）处理步骤；不过，病毒核酸回收率可能会降低。

图 1：Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒实验流程

硅胶包被的 Monarch 磁珠 M1 用于从含有少量靶标分子的样本中进行高灵敏度核酸捕获。磁珠壳上带有硅烷醇基，可作为最佳的核酸结合表面，大小均匀的亚微米级磁珠提供足够大的结合表面积，其上分布有丰富的结合位点。磁珠以单分散悬浮液的形式提供。磁珠芯的超顺磁特性可实现快速磁响应，有助于在使用过程中轻松进行处理，并可兼容自动化流程
经优化的病毒核酸提取流程采用样本裂解步骤，然后进行简单的结合-洗涤-洗脱过程。样本使用蛋白酶 K 处理，再与含有裂解液、载体 RNA（carrier RNA）、异丙醇和磁珠的裂解液/磁珠混合物混合，可促进病毒核酸与硅胶包被的磁珠结合。载体 RNA（carrier RNA）在实验流程中用作共沉淀剂，可提高低含量病毒核酸的回收率。待病毒 DNA 和 RNA 与磁珠结合后，清洗磁珠去除污染物，再在无核酸酶水中洗脱核酸。纯化后的病毒核酸适用于 qPCR/RT-qPCR、ddPCR 和二代测序（NGS）文库制备等下游应用。

图 2：使用 Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒从废水样本中提取核酸，实现完整的 SARS-CoV-2 基因组覆盖度

用基因组浏览器（IGV）观察整个 SARS-CoV-2 基因组的 read 覆盖度（对数刻度）。使用 Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒，从掺入 75 万份灭活 SARS-CoV-2 病毒微粒（ATCC^® 1986HK）的 RNA 提取裂解液或废水样本中提取 RNA。在提取 RNA 之前，使用 Nanotrap^® Microbiome A 微粒对人工废水样本进行病毒微粒富集。将 2 万份 Twist Bioscience Synthetic SARS-CoV-2 RNA Control 23 模板作为扩增子生成和文库制备的阳性对照。使用 NEBNext^® VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 primer pool 和 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒 - 含片段化酶（Illumina）进行扩增子和文库制备。使用 NextSeq^® 500/550 仪器（2x75 bp）对文库测序。确定每个碱基的覆盖深度，使用 seqtk 抽取 read，再使用 Bowtie2 将其与 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI，NC_045512）进行比对。

图 3：对使用 Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒提取的 DNA 进行 qPCR 检测，表现出对靶标 DNA 病毒的准确检测和定量

Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒用于提取 DNA，样本是两种不同病毒载量的 i.人类腺病毒 3 型（ZeptoMetrix）和 ii. 巨细胞病毒（ZeptoMetrix^®），使用 KingFisher 自动化操作流程。将洗脱后的 DNA 在 Bio-Rad® CFX96 Touch™ 实时 PCR 检测系统上进行 qPCR 检测。各病毒载量的扩增曲线检测信号与预期相符，表明成功提取了病毒 DNA。

图 5：对使用 Monarch® 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒提取的 RNA 进行 RT-qPCR 检测，证明可从同一样本中检测多种病毒

使用重悬于 VTM（Hardy Diagnostics®）中的灭活流感病毒和 SARS-CoV-2 病毒（Microbiologics^®）的拭子样本，制备包含高病毒载量和低病毒载量样本的模拟共感染样本。使用 Monarch® 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒按照 KingFisher^® 自动化操作流程进行核酸提取。使用相关引物探针和 Bio-Rad^® CFX96 Touch™ 实时 PCR 检测系统进行 RT-qPCR 检测。Monarch 磁珠法病毒 DNA/RNA 提取试剂盒可以成功从同一样本的多种病毒中提取核酸。

试剂盒组成