ChIC/CUT&RUN Assay Kit所需细胞量比传统ChIP更少

CUT&RUN（Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease）是一种研究各种染色质相关蛋白及其修饰的全基因组分布的表观遗传学方法，是ChIC（chromatin immunocleavage）的衍生方法^1-3。 类似于ChIP（chromatin immunoprecipitation），CUT&RUN也是利用抗体靶向染色质相关修饰和蛋白，但其所需细胞量和测序深度比传统ChIP更低。

在CUT&RUN中，抗体靶向目标蛋白从而结合在完整细胞中的染色质上，然后微球菌核酸酶（MNase）在目标蛋白结合位点特异性地剪切DNA，所释放的DNA片段被纯化、测序并定位到参考基因组序列上，就可推断出蛋白在DNA上的结合位点。ChIP需要将蛋白与DNA交联，这一步可能导致假阳性，而CUT&RUN不需要交联反应。

作为研究染色质相关蛋白的工具，CUT&RUN灵敏、特异性高且所需细胞量比ChIP更少，是研究转录因子等染色质相关蛋白的结合方式和全基因组的组蛋白修饰的理想方法。染色质相关蛋白在调控诸如基因表达、DNA复制、DNA修复和细胞分化等过程中发挥很重要的作用，研究这些蛋白的结合方式可以为这些细胞活动的调控提供潜在思路。

参考文献
1. Schmid, M. et al. Mol Cell, 16(1): 147-157 (2004)
2. Skene, P.J. et al. (2017) Elife 6, e21856
3. Skene, P.J. et al. (2018) Nat. Protoc., 13, 1006-1019

 

ChIC/CUT-RUN Assay Kit的优势：

• 适用于5,000-500,000个细胞的样品
• 提供完整的试剂和优化方案
• 适用于全基因组染色质相关蛋白分析

ChIC/CUT-RUN Assay Kit组分：

ChIC/CUT-RUN试剂盒各组分在两种温度下运输：一盒为需-20℃储存的试剂，通过干冰装运；另一盒为不需冻存的试剂，需于4℃储存，且在室温下运输。请依据试剂盒说明书对试剂盒中各组分进行合理保存，所有试剂在正确温度下储存可保证6个月内稳定。

• Protease Inhibitor Cocktail, 500 µl, -20°C储存
• ChIC/CUT&RUN pAG-MNase, -20°C储存
• Glycogen 20 mg/ml, -20°C储存
• Histone H3K4me3 pAb, 10 µg, 1 mg/mL, -20°C储存
• Negative Control IgG, Rabbit, -20°C储存
• 1 M Spermidine, -20°C储存
• Nuclei Isolation Buffer, 4°C储存
• Concanavalin A Beads, 4°C储存
• 0.1 M CaCl₂, 4°C储存
• Stop Solution, 4°C储存
• 1X Binding Buffer, 4°C储存

• Dig-Wash Buffer, 4°C储存
• 0.5 M EDTA, 室温储存
• DNA Purification Wash Buffer, 室温储存
• DNA Purification Elution Buffer, 室温储存
• DNA Purification Binding Buffer, 室温储存
• 3M Sodium Acetate, 室温储存
• DNA Purification Columns SF, 室温储存
• 0.2 mL Strip Tubes, Attached Caps, 室温储存
• RNase A, -20°C储存
• 5% Digitonin, -20°C储存