概述
Xenium是一个由10x Genomics提供的端对端完整解决方案,帮助用户实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析。该平台包括Xenium分析仪、试剂耗材和分析软件;Xenium分析系统是一台高度自动化、高通量的组织原位分析技术平台。此外,从组织制备到数据分析,该平台将会得到10x Genomics技术专家团队的全方位支持。它在10x Genomics早期收购ReadCoor和Cartana的基础技术之上做了大量研发和改进。
Xenium分析仪将单分子RNA和蛋白检测的功能与强大的光学元件、数据采集和解码技术相结合,能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平。该平台可以兼容多种样品类型,包括新鲜冷冻(FF)组织和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织。与10x Genomics的其他产品一样,Xenium 平台将拥有一条不断拓展的产品路线图,不断增强核心平台的分析能力和分析物种类,比如一张切片同时检测RNA和蛋白质表达水平。
平台概览
有了Chromium和Visium等分析,研究人员能够分别检测单个细胞或整张组织切片的全转录组。在后续研究中,他们可以采用靶向原位分析技术,这不仅能够在组织细胞生物学状态下对细胞进行定位和分型,还能够针对先前从Chromium和Visium数据中获得的信息来详细研究各种具体问题。Xenium平台可帮助科学家展示、定量和分析固定在Xenium载玻片上的FF和FFPE组织切片中的基因表达和蛋白丰度。Xenium技术还将提供一系列针对不同组织类型和应用场景的试剂菜单选项,以及添加客户定制靶点的选项,从而实现对目标靶点进行高灵敏度的原位分析。该平台使用10x Genomics的分析工具和流程来处理Xenium数据并进行可视化分析展示。此外,研究人员还可以联系10x Genomics的技术专家,他们会就科学和技术咨询、流程优化和方法学故障排查提供专业的支持。
Xenium平台是一个端对端的完整解决方案,包含一台强大的可实现高通量分析的全自动仪器。
Xenium分析仪提供机载分析功能,可处理图像数据,定位RNA和蛋白信号,并开展二级分析。您也可以轻松地传输数据,使用10x Genomics提供的软件或您选择的第三方软件工具进行分析可视化。
使用Xenium平台开展原位分析研究的理由
Xenium平台具有许多技术优势,已成为以亚细胞分辨率分析多重空间基因表达和蛋白质表达的理想产品。该平台的核心是全自动和高通量的Xenium分析仪,可以自动进行探针标记、成像和机载数据分析等全流程功能。
• 强大而灵活的核心平台——Xenium是一个强大而灵活的核心平台,适用于各种组织、样本类型和应用。此外,该平台的设计理念是未来可不断增添新功能,包括额外的组织特异性和疾病特异性的基因组合、同一切片上RNA和蛋白质的同时检测,以及同时检测1,00种分析物的多重分析能力。
• 起始样本的灵活性——Xenium技术流程可以兼容新鲜冷冻组织(FF)和福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)样品。
• 多重分析和亚细胞分辨率——Xenium平台能够以亚细胞分辨率检测多达400个RNA转录本(初上市时),并有望在未来实现多达1,000个分析物的同时检测。
• 具有定制功能的人工审核基因组合——Xenium平台可使用商业试剂的基因组合,这些基因组合是经过大量数据挖掘甄选后构建的,综合了全面的单细胞图谱研究结果以及各个研究领域专家的人工审核和宝贵建议。Xenium基因组合能够增加定制基因集合,这些基因组合在交付后可立即用于Xenium分析。此外,10x Genomics还致力于不断扩展商业试剂供应的Xenium基因组合菜单种类,逐步会包含更多的组织和应用类型。
轻松易用的流程——Xenium平台是一个轻松易用的完整解决方案,包含制备样本所需的试剂和
Xenium分析仪上配合图像采集需要的试剂,以及用于后续数据分析、可视化和数据解读的10x Genomics软件。
• 超大通量——Xenium分析仪可在成像区域内开展超高重靶点组织全景分析。每块Xenium载玻片上有一个大的可成像区域(12 x 24 mm),单次运行可同时加载和分析两张切片。单次样品通量由可成像区域内包含的组织切片数量决定。例如,如果组织切片的大小为10 mm x 10 mm,则每块载玻片可容纳两张切片,并且单次运行可同时分析四张切片。仪器运行大约需要两天的时间,每周通量为12张组织切片/周,以此类推,分析样品组织切片越小,单周内可分析的样品数目会显著增加。
• 全面的数据分析解决方案——10x Genomics提供数据分析流程用于数据分析和再分析,并提供先进的软件用于数据可视化分析。Xenium分析仪产生的数据可轻松从仪器中转移出来,并与基本组织形态、细胞边界信息等结合用于可视化分析。10x Genomics提供的软件支持进一步高阶分析。数据以行业标准的文件格式提供,让科学家可自由使用他们选择的各类分析工具。
细胞类型分配——10x Genomics软件将每个检测到的转录本或蛋白质分配给单个细胞,让科学家能够根据他们选择的基因组合对细胞类型进行分子水平注释。
• 全面专业的支持资源——10x Genomics提供全面的支持资源,既包括我们的技术支持科学家、现场应用科学家、现场服务工程师和生物信息学应用科学家,他们都接受过Xenium流程、仪器和分析的专业培训,也包括免费提供的视频和技术文档,这些可帮助指导新用户顺利完成Xenium实验流程。
• 产品质量认证——10x Genomics的产品开发和制造流程已通过ISO 9001:2015认证。