SimGlycan质谱数据分析软件

SimGlycan软件可以根据质谱仪获得的MS/MS数据分析和预测多糖化合物的结构。它通过比较实验数据和自身的多糖化合物数据库，给出可能的多糖结构，并根据相似程度进行打分，从而帮助研究者确定最可能的多糖化合物结构。

主要功能特点

• 通过特有的排序和得分算法，将多糖的MS/MS数据与数据库中22400多个多糖图谱进行匹配。
• 可以使用多糖和糖蛋白的ID号、序列、成分或质量对数据库进行检索
• 参照其它的生物信息，预测可能的多糖结构，如多糖的分类、反应、路径和酶
• 通过确定肽段部分的序列和质量，还可以进行糖基化肽的结构分析
• 可使用还原末端修饰的化学衍生物搜索多糖，即使在程序的数据库里没有这些衍生物
• 支持多价离子产生的串联质谱数据
• 产生完整注释的2D多糖结构视图
• 查看糖苷和跨环碎片（cross ring fragments）及其质量和质核比值
• 采用Domon和Costello命名法产生理论碎片
• 随多糖信息发布持续更新数据库
• 兼容ABI质谱仪（TripleTOF™ 5600 System, TOF/TOF 5800, 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer, 4000 QTRAP® 和QSTAR® Elite Systems）；兼容赛默飞世尔质谱仪（LTQ FT Ultra, LTQ Velos, LTQ XL, LTQ Orbitrap Discovery, LTQ Orbitrap Velos, LTQ Orbitrap XL, MALDI LTQ Orbitrap）；兼容沃特世质谱仪（SYNAPT G2 HDMS, SYNAPT G2 MS, Xevo G2 QTof, Xevo QTof MS, Xevo TQ MS 和Xevo TQ-S platforms）

SimGlycan数据库是一个巨大的关系数据库，包含22,456种多糖、22814种糖肽、11,438种已知生物来源的多糖、11,918种已知分类的多糖、 263种生物化学反应、194种生化通路、250种酶相关多糖和9521个其他数据库链接。随着其他多糖信息的公布，数据库不断更新。

产生注释的图谱

SimGlycan突出符合理论裂解的实验质核比值，产生描述连续单糖单位减少的注释的图谱。这有助于研究者建立支链类型，验证多糖的基本单位。每个峰可 用动画或Domon Costello命名法代表。可产生适合页面大小或基于目标区域的定制化的注释图谱，输出并与他人分享。简单的界面可以放大进入特定图位，指定质核比范围 来显示特定的图谱部分，也可以以图像文件输出到MS PowerPoint。

用户绘制结构

SimGlycan允许用户绘制和编辑多糖和糖肽。单糖、肽链或如HSO3和Etn的取代基可以添加或删除，分支点和端基连接（anomeric linkage）可点击按键来修饰。每步，绘制结构的裂解使用户可以比较实验和理论数据，用户可见该修饰是否使理论上的多糖更接近于实验数据。这一功能对 解析多糖结构有很大帮助，特别是在没有目标多糖数据的情况下。

精确的多糖排序

基于我们专有的研究和评分机制对所有可能的多糖进行排序和打分。排序机制基于对多糖分数的计算，该分数是一个数值，代表多糖的实验属性（组成和分支类型）与数据库中多糖的属性的接近程度。