Geneious R11中有什么新功能？
全年新增功能，改进和错误修复，每年发布一个主要的新版本。
你升级几年了？你知道和爱的Geneious每年都会变得更好。现在升级，您可以享受R11以及以前版本中包含的功能。
RNA-Seq表达分析的火山图
在交互式火山区中可视化基因表达，可用于突出显示并跳转到差异表达的基因。限制性站点的沉默突变分析
自动识别编码序列中的点突变，其将引入限制性位点而不影响蛋白质。漂亮的PCA地块
用更好的标签和新的可视化选项创建漂亮的PCA图。新的CRISPR Cpf1选项
添加了对具有5'PAM站点的CRISPR-Cpf1的支持。在A和T富含序列中寻找位点并具有较高的体内切割效率。创建酶集
什么在冰箱里？不再从其他来源获取信息。现在，您可以轻松创建自己的酶组。更好的FASTQ导入
成对的读取可以在导入过程中相互关联，Geneious将尽力猜测它们是如何配对的。 阅读技术也可以设置。更新细菌基因组排列的淡紫色插件
现在包括序列列表和用于重新排列重叠群的MCM操作的支持，使得可以对齐基因组草图并执行基因组整理。 在以前的版本中添加了什么？Geneful R10
| 更智能的限制克隆 完全重新设计更简单，更强大。包括兼容切割位置的自动识别，以及通过拖放顺序排序碎片的消化和结扎。 |
| Alignment Masking Mask不可靠的对齐位置，可以更好地构建树，而不会删除数据。使用注释轨道管理对齐遮罩模式，并根据用户定义的标准自动遮罩站点。 |
| 改进的质粒查看器 新的圆形总览选项通过同步编辑，选择和滚动显示序列的基础和质粒图谱，可以帮助您保持定位。 |
| 嵌合体过滤 通过与参考数据库（可以是任何序列列表或比对）进行比较来过滤嵌合读取。在kunbang的公共领域UCHIME算法或更快的USEARCH实施之间进行选择。 |
| 沿袭父母/后代 沿袭视图现在更容易作为一个单独的选项卡访问，有关您的克隆操作的细节显示在关系旁边。 |
| 组装和映射 更好的结构变体映射，一种新的工作流程，通过将变体应用于Ion Torrent，454和PacBio CCS数据的参考和更好的从头装配来构建SNP树。 |
| 改进的克隆 吉布森和金门现在在选项中有片段的序列视图。吉布森组装现在可以节省引物，方便订购 |
| 从数据库 注释通过比较所有六个框架中的核苷酸序列与蛋白质数据库序列的翻译，从蛋白质数据库中注释核苷酸序列 |
| 邮编导入 现在可以导入包含多个文件和子文件夹的邮编文件 |
| 序列查看器 添加“拷贝翻译”以翻译核苷酸序列的选定区域（在右键单击菜单中） |
| SPAdes de novo 汇编程序 对于MacOS / Linux：64位操作系统是必需的。对于Windows，需要64位Windows 10（安装zuixin更新）。您还需要安装其他Windows功能（说明） |
| 查找CRISPR站点 主要的性能改进是对非目标评分算法 所有CRISPR站点现在将在每次运行中针对所有潜在的非目标站点进行 评分针对非目标评分的CRISPR站点现在需要考虑种子区域。这是一个与PAM站点相邻的10 bp区域，可以容忍最多2个不匹配和0个indels |
| RNA-Seq表达分析 比较表达水平现在可以选择使用DESeq2与重复样本进行配对分析，并将产生质量控制的主成分分析（PCA）图。 |
| 克隆工作流程 限制克隆，吉布森大会和金门现在可以被纳入工作流程。自动克隆程序或执行高通量批次克隆。 |
Geneious R9
| 金门 智能处理预配置的金门部件和自动设计新零件的底漆。 |
| RNA-Seq和结构变体映射 使用现有的注释编码区来映射 RNA-seq或在映射期间发现新的内含子和融合基因。对于DNA测序，您现在可以发现结构变体并对其进行注释，从而允许正确比对杂合样品中缺失和结构重排的读端。 |
| 大树 新的搜索框用于查找节点和分类群，并根据距离自动折叠子树。加载和渲染树时性能大大提高。 |
| 尖端的CRISPR 针对目标活动的新评分策略。选项用于控制在针对脱离目标进行评分时允许有多少个不匹配和indel。 |
| VCF Export 轻松导出单个样本变体。 |
| 蝌蚪 全新和超快的从头组装机，具有非常低的组装率。 |
| 引物设计 当已经指定了目标区域和产品尺寸范围时，提高了较大序列的速度 |
使用内置的BBTools读取过滤
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| 在Windows和Linux上更好地支持HiDPI显示。最重要的是，序列和对齐视图现在根据您的显示进行缩放。 |
| 对齐和contig查看 重新设计的“转到下一个”控件提供了更直观的界面更多的权力。 |
| 序列视图 更新为高质量出版物的新现代字体，更清洁的质粒图谱和视网膜屏幕。 |
| 吉布森克隆 现在完全支持的疤痕方法，包括SLIC，切片，CPEC，输液和GENEART无缝全阵列。 |
| 大会 新的工作流程，可以将许多数据集的批处理引用映射与许多引用进行匹配，并按名称进行匹配。 |
| 树 现在按照树中的着色高亮显示多重对齐中的序列。 |
| 世系 父母和子孙现在显示了更多关于已经执行的步骤的信息，并且HTML报告可以用全部谱系导出。 |
| 新的插件 |
Geneious R8
| 16S生物多样性工具 一种基于云的工具，利用RDP数据库从环境样本中鉴定高通量16S rRNA扩增子，并使用安全的Web查看器将生物多样性视为交互式图表和图表。 |
| 序列分类器插件 使用类似BLAST的算法以及多个基因座和树来辅助识别，将有机样本与其自身的DNA与已知序列的数据库相似性进行分类分类。 |
| CRISPR设计 使用创新的热图样式注释来定位潜在的CRISPR目标网站，以评估基于非目标交互的网站。 |
| 功能强大的NGS装配 更长的重叠群，脚手架和更高的精度。 |
| RNA-Seq表达分析 全新的转录组学功能！ |
更好的工作流程配置新的基因组整理工作流程和更多选项来创建自定义工作流程 |
| 更容易的插件开发 添加您最喜爱的算法，数据库或可视化Geneious或编写自己的新程序插件，并与社区分享 |
| 选择器选择器将 常用的序列（如参考基因组，载体和生物部分）存储在工作数据的不同文件夹中，然后在运行“映射到参考”或“吉布森组件”时轻松选择它们。 |
| 按GC含量排序 所有新创建的核苷酸比对，重叠群，序列列表和序列在文档表中都有％GC字段。比对，重叠群和列表中的序列可以按％GC进行排序。 |
| 针对qPCR的改进的引物设计针对 单个序列中的多个区域的批量设计引物一步式设计，非常适合qPCR设计。引物设计和测试现在有一个选项来匹配每个序列中的一致性（而不仅仅是共识） |
| 提取更多注释信息 现在您可以选择匹配注释的上游，下游和基因间区域。 |
| 映射 质量现在包括 Geneious mapper生成映射质量，SAM / BAM导入/导出处理映射质量，contig viewer在状态栏中显示映射质量，添加映射质量配色方案 |
| 与LIMS和外部基于Web的系统集成 现在可以通过单击基于外部Web的系统中的链接打开Geneious文档。 |
| 更易于导出Newick和FASTA格式 文档现在可以以压缩的.fasta.gz和.fastq.gz格式导出。导出树文件：导出为newick格式现在可能包含引导程序支持值 |
新的插件
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